Сточные воды, попадающие в очистную станцию, поступают в уравнительный резервуар, который выполняет функцию усреднения стоков по качественному составу, а также позволяет принять залповый сброс без нарушения режима работы станции. В уравнительном резервуаре начинается первичная биологическая очистка сточных вод с помощью активного ила, который взаимодействует с органическими загрязнениями. Здесь задерживаются и накапливаются мусор, взвешенные вещества и другие подобные загрязнения.

Затем аэрированные сточные воды проходят фильтр механической очистки и с помощью эрлифта (мамут-насоса) подаются в аэротенк, где и происходит интенсивная биологическая очистка с помощью активного ила. Аэротенк работает в двух режимах: при нитрификации сточная вода насыщается кислородом воздуха и интенсивно перемешивается, при денитрификации подача воздуха и перемешивание прекращаются. Это позволяет проводить глубокую биологическую очистку с уменьшением концентрации нитритов и нитратов в очищаемых водах.

Из аэротенка смесь воды и активного ила подается во вторичный отстойник через отверстие в нижней части отстойника. Здесь происходит осветление воды, активный ил оседает на дне и возвращается в аэротенк через отверстие в нижней части. А осветленная вода поступает в выходную магистраль станции. Чтобы предотвратить попадание возможной жировой пленки из отстойника в аэротенк, в конструкции очистного сооружения предусмотрен жироуловитель.

В случае, если сточные воды не поступают в станцию, в автономном режиме продолжается постоянная циркуляция воды. Это происходит следующим образом. В уравнительном резервуаре установлен датчик уровня воды. Когда вода выкачивается  из резервуара в аэротенк до нижнего уровня, датчик подает сигнал в блок управления и на электромагнитный клапан. Клапан срабатывает и направляет поток воздуха в контур обратной фазы. Аэрация в аэротенке выключается, прекращается перемешивание, и весь активный ил оседает на дно — начинается процесс денитрификации. На определенном расстоянии от дна эрлифт рециркуляции начинает откачивать со дна излишки ила из аэротенка в стабилизатор активного ила. Когда смесь активного ила с водой попадает в стабилизатор, часть ила оседает в нем, а часть ила вместе с водой возвращается в уравнительный резервуар. Уровень воды в уравнительном резервуаре начинает повышаться до уровня срабатывания датчика и перевода станции в прямую фазу. После этого клапан переключает поток воздуха на распределитель прямой фазы. В аэротенке начинается аэрация (процесс нитрификации), а рециркуляционный эрлифт прекращает откачку активного ила. В режиме переключений станция будет работать до момента поступлений сточных вод.

Работа станции биологической очистки полностью автоматизирована и не требует ежедневного обслуживания. Техническое обслуживание станции производится ежеквартально: удаляются излишки активного ила с помощью насоса-эрлифта, входящего в состав станции. Если для обслуживания станции используется внешний дренажный насос, то удаление ила можно производить 1 раз в 6 месяцев.

Удаляемый из станции избыточный активный ил и осадок, образующийся в отстойнике, допускается использовать для компостирования с последующим внесением в почву для удобрения на территории индивидуальных домовладений или фермерских хозяйств. Избыточный активный ил и осадок, образующийся в станциях большой производительности, сдается на полигоны твердых бытовых отходов по унитарной схеме.